La reconquête chrétienne en 1249 et la politique mise en oeuvre dans tout l’Algarve pour maintenir la population musulmane, quoique dans les quartiers extramuros – les mourarias –, permirent à Loulé de poursuivre son développement. La création d’une foire en 1291 fit de Loulé l’un des grands centres commerciaux de l’Algarve médiéval. Située dans l’arrière-pays, Loulé n’a pas bénéficié directement des Grandes Découvertes (XVe et XVIe siècles), raison pour laquelle elle n’a pas connu le développement des autres centres du littoral comme Lagos, Faro et Tavira. L’importance économique des produits agricoles, surtout des fruits secs comme les amandes et les figues, et de l’artisanat s’est maintenue pendant des siècles. La tentative d’apporter à Loulé, à la fin du XVIIIe siècle, l’élevage du ver à soie et la fabrication de la soie, dans la Quinta do Rosal qui existe encore, ne dura pas longtemps. La production de toile de jute et de lin pour fabriquer des sacs sur des métiers manuels, prospère dans les premières décennies du XXe siècle, fut également un échec et prit fin dans les années 70.